从“最后的忍者”伊贺崎好天（笹野高史 饰）手中接过接力棒的六人忍者战队“手里剑战队忍忍者”，持续与野心勃勃的牙鬼军团展开一轮又一轮的正邪大战。这一次他们好不容易迎来的暑假，本打算快乐无忧地享受难得的假期，谁知却得到了一份不同寻常的暑假作业，那就是保卫鲜为人知的“忍隐城”。 　　此时此刻，忍隐城正遭受武士大将弓张重三（东地宏树 饰）及其率领的妖怪军团的进攻。城主八角辰之助（藤本敏史 饰）虽然设法逃了出来，未曾想竟被弓张施法变成了恐龙的模样。为了将城主变回原来的样子，战队成员们接到了好天所吩咐的第二道暑假作业，那就是为忍隐城找回“爱与和平”。战队成员们携手迎战弓张的妖怪大军，而后者也慢慢露出了其真实目的……

战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者，经过激烈的战斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后，我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下！”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗，并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成“牙鬼军团”， 为了让“牙鬼幻月”完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击！紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔，也就是终结忍者・伊贺崎好天的孙子们！“当忍则忍，可不忍则不忍！” 三代同堂，用火热的“忍者心”（Nintality）以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪！为了继承祖父的“终结忍者”这个封号，也为了阻止妖怪军团让“牙鬼幻月”复活， 他们不仅不忍，还要大肆反击！

战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者，经过激烈的战斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后，我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下！”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗，并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成“牙鬼军团”， 为了让“牙鬼幻月”完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击！紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔，也就是终结忍者·伊贺崎好天的孙子们！“当忍则忍，可不忍则不忍！”

从“最后的忍者”伊贺崎好天（笹野高史 饰）手中接过接力棒的六人忍者战队“手里剑战队忍忍者”，持续与野心勃勃的牙鬼军团展开一轮又一轮的正邪大战。这…

这一天，手里剑战队忍忍者的各位收到一封不同寻常的邀请函，邀请函来自“梦之忍者大陆”，他们将有望和传说中的忍者会面。怀着激动的心情，伊贺崎天晴（西川俊介 饰）和伙伴出发了。然而他们所乘坐的居然是一列妖怪列车，原来这一切都是妖怪制造的幻觉，无畏的英雄们陷入前所未有的大危机之中。危急关头，他们得到了一直与恶势力作斗争的烈车战队特急者的救助。从特急者口中得知，所谓“梦之忍者大陆”实际上是“黑暗忍者大陆”，邪恶的暗黑博士企图靠这个幌子将正义战士们一网打尽。危机降临，英雄们面临前所未有的挑战……

这一天，手里剑战队忍忍者的各位收到一封不同寻常的邀请函，邀请函来自“梦之忍者大陆”，他们将有望和传说中的忍者会面。怀着激动的心情，伊贺崎天晴（西川俊介 饰）和伙伴出发了。然而他们所乘坐的居然是一列妖怪列车，原来这一切都是妖怪制造的幻觉，无畏的英雄们陷入前所未有的大危机之中。危急关头，他们得到了一直与恶势力作斗争的烈车战队特急者的救助。从特急者口中得知，所谓“梦之忍者大陆”实际上是“黑暗忍者大陆”，邪恶的暗黑博士企图靠这个幌子将正义战士们一网打尽。危机降临，英雄们面临前所未有的挑战…