从“最后的忍者”伊贺崎好天（笹野高史 饰）手中接过接力棒的六人忍者战队“手里剑战队忍忍者”，持续与野心勃勃的牙鬼军团展开一轮又一轮的正邪大战。这一次他们好不容易迎来的暑假，本打算快乐无忧地享受难得的假期，谁知却得到了一份不同寻常的暑假作业，那就是保卫鲜为人知的“忍隐城”。 　　此时此刻，忍隐城正遭受武士大将弓张重三（东地宏树 饰）及其率领的妖怪军团的进攻。城主八角辰之助（藤本敏史 饰）虽然设法逃了出来，未曾想竟被弓张施法变成了恐龙的模样。为了将城主变回原来的样子，战队成员们接到了好天所吩咐的第二道暑假作业，那就是为忍隐城找回“爱与和平”。战队成员们携手迎战弓张的妖怪大军，而后者也慢慢露出了其真实目的……

战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者，经过激烈的战斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后，我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下！”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗，并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成“牙鬼军团”， 为了让“牙鬼幻月”完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击！紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔，也就是终结忍者·伊贺崎好天的孙子们！“当忍则忍，可不忍则不忍！”

这一天，手里剑战队忍忍者的各位收到一封不同寻常的邀请函，邀请函来自“梦之忍者大陆”，他们将有望和传说中的忍者会面。怀着激动的心情，伊贺崎天晴（西川俊介 饰）和伙伴出发了。然而他们所乘坐的居然是一列妖怪列车，原来这一切都是妖怪制造的幻觉，无畏的英雄们陷入前所未有的大危机之中。危急关头，他们得到了一直与恶势力作斗争的烈车战队特急者的救助。从特急者口中得知，所谓“梦之忍者大陆”实际上是“黑暗忍者大陆”，邪恶的暗黑博士企图靠这个幌子将正义战士们一网打尽。危机降临，英雄们面临前所未有的挑战……

从“最后的忍者”伊贺崎好天（笹野高史 饰）手中接过接力棒的六人忍者战队“手里剑战队忍忍者”，持续与野心勃勃的牙鬼军团展开一轮又一轮的正邪大战。这…

这一天，手里剑战队忍忍者的各位收到一封不同寻常的邀请函，邀请函来自“梦之忍者大陆”，他们将有望和传说中的忍者会面。怀着激动的心情，伊贺崎天晴（西川俊介 饰）和伙伴出发了。然而他们所乘坐的居然是一列妖怪列车，原来这一切都是妖怪制造的幻觉，无畏的英雄们陷入前所未有的大危机之中。危急关头，他们得到了一直与恶势力作斗争的烈车战队特急者的救助。从特急者口中得知，所谓“梦之忍者大陆”实际上是“黑暗忍者大陆”，邪恶的暗黑博士企图靠这个幌子将正义战士们一网打尽。危机降临，英雄们面临前所未有的挑战…

牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 　　戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 　　時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 　　果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?